Prey erzählt die Geschichte von Tommy, einem Cherokee, der in seinem Reservat festsitzt. Er gibt nicht viel auf seine indianische Herkunft und fühlt sich bei seinen Leuten auch nicht zu Hause - im Gegensatz zu seiner Freundin Jen, die bei ihrem Stamm bleiben möchte.
Seine Versuche, Jen zu überreden, mit ihm fort zu gehen, waren stets erfolglos, doch eines Abends wird sein Wunsch erfüllt - allerdings ganz anders, als Tommy es sich vorgestellt hatte...
Tommy, Jen, sein Großvater und viele andere Menschen werden von einem gewaltigen Alienschiff entführt, das im Orbit auftaucht. Tommy kann sich befreien und streift nun durch das geheimnisvolle, organische Schiff, in dem verzweifelten Versuch, sich selbst, seine Freundin und vielleicht auch die ganze Welt zu retten.
Doch bevor er sein Ziel erreichen kann, muss er erst mit seiner Herkunft ins Reine kommen und seine indianischen Wurzeln akzeptieren, denn ohne die spirituellen Kräfte seines Volkes ist Tommy verloren...
