New York im Jahr 1939: Weltweit verschwinden plötzlich die berühmtesten und renommiertesten Wissenschaftler spurlos. Gleichzeitig wird New York in Angst und Schrecken versetzt. Flugroboter tyrannisieren die Stadt und rauben sie aus. Reporterin Polly und das draufgängerische Flieger-Ass Sky Captain beginnen zu ermitteln und kommen einem grausamen Geheimnis auf die Spur: Das geniale, aber geistesgestörte Superhirn Dr. Totenkopf will mit Hilfe der Wissenschaftler und seiner Armee von Robotern den Planeten vernichten. Sky Captain, Polly und die Kommandantin Franky machen sich auf, den Verrückten zu finden, und geraten in spektakuläre Luftkämpfe, schlagkräftige Fights und weitere lebensbedrohliche Situationen.
