Der Bourne-Skandal hat massiven Wirbel verursacht; deshalb ist die CIA gezwungen, die "Operation Outcome" - das Nachfolge-Programm der Jason-Bourne-Operation - fürs Erste auf Eis zu legen. Aaron Cross (Jeremy Renner) ist einer der Agenten aus der "Outcome"-Abteilung. Er wacht in Isolationshaft auf, nur um festzustellen, dass er genau wie der Rest der Abteilung eliminiert werden soll. Die attraktive Ärztin Dr. Marta Shearing (Rachel Weisz) hat an der "Verbesserung" der Agenten mitgearbeitet und ist schockiert über die Entscheidung, dass so viele Menschen getötet werden sollen. Also beschließt sie, Cross bei der Befreiung aller "Operation Outcome"-Agenten zu helfen. Auf ihren Fersen ist CIA-Agent Byer (Edward Norton), der das Duo unter allen Umständen stoppen muss, da sonst die komplette Integrität seiner Firma in Frage steht.
